在污水处理方面，目前很多环保工程公司都采用厌氧处理技术来处理食品加工废水。由于其具有良好的去除效果，更高的反应速率和对毒性物质更好的适应，更重要的是由于其相对好氧生物处理废水来说不需要为氧的传递提供大量的能耗，使得厌氧生物处理在水处理行业中应用十分广泛。在厌氧条件下，兼性厌氧和厌氧微生物群体将有机物转化为甲烷和二氧化碳的过程，又称为厌氧消化。

厌氧氨氧化菌适合处理高温、高氨氮的污水, 厌氧氨氧化工艺已成功应用于污水处理厂中, 以处理垃圾渗滤液、食品加工废水、养殖业废水等高氨氮废水, 国内厌氧氨氧化工艺主要局限于实验室研究, 在实际污水处理厂中长期运行厌氧氨氧化工艺的报道鲜见。

温度下降不可避免地会导致生物硝化速率的下降。但通过适当延长水力停留时间，生物接触氧化反应器可以在5 ℃水温下  获得良好的硝化效果，这主要是因为生物接触氧化污泥中维持了较高丰度的亚硝化单胞菌属和硝化螺旋菌属，说明生物接触氧化反应器对于维持低温下的硝化性能具有一定的优势。此外，研究结果显示，在温度降低之前提高硝化菌的丰度也不失为一种有效的维持低温下硝化效果的措施，这是今后值得深入研究的一项研究内容。